เปิดฉากขึ้นด้วยนิมิตรประหลาดในฝันของนีโอ สองปีผ่านไปหลังจากการปลดปล่อยตัวเองได้อย่างสมบูรณ์กลายเป็นเดอะวัน (The One) ทำให้นีโอต้องปฏิบัติภารกิจต่างๆเพื่อยุติสงครามตามคำทำนายของเทพยากรณ์และความเชื่อของมอร์เฟียส ในนิมิตของเขานั้น เขาเห็นทรินิตี้คนรักต้องตาย แต่นั่นมันมีความหมายว่าอย่างไรกันแน่? ระหว่างนั้นเอง ข่าวสารจากยานโอไซริสซึ่งส่งมาก่อนจะสูญหายไปก็ได้ระบุว่าพวกเครื่องจักรบนพื้นโลกกำลังทำการขุดเจาะลงใต้พื้นดิน ตำแหน่งเป้าหมายก็คือไซออน เมืองสุดท้ายของมนุษยชาติ นั่นหมายความว่าถ้าไม่ทำอะไรสักอย่าง สุดท้ายแล้วพวกเครื่องจักรก็จะบุกมาถึงไซออน และถึงคราวสูญสิ้นของเผ่าพันธุ์มนุษย์ในที่สุด นีโอซึ่งกำลังสับสนระหว่างเส้นทางของตัวเองและอนาคตของมนุษย์ที่เหลือตัดสินใจไปพบกับเทพยากรณ์เพื่อขอคำปรึกษา
