ในปี 2035 เกิดวิกฤตการณ์ เบิร์ตส์ (Burst) ที่ทำให้สิ่งมีชีวิตจำลองที่เรียกว่า Matter หลุดออกมาทำลายทุกสิ่งรอบตัว ทำให้ทางการต้องสั่งปิดล้อมสถาบันวิจัยผ่านไปสองปี ทาจิบานะ ไอโกะ สาววัย 15 ที่เสียครอบครัวไปจากหายนะครั้งนั้น มีนักเรียนใหม่ในโรงเรียน คันซากิ ยูยะ ทราบว่าเธอมีบางอย่างซ่อนในร่างกายที่ต่างจากคนทั่วไปและไม่ใช่มนุษย์ ชะตากรรมของทั้งสองที่พัวพันถึงมนุษยชาติได้เริ่มขึ้น